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(1)電路原理圖的設計：電路原理圖的設計主要是PROTEL099的原理圖設計系統(AdvancedSchematic)來繪制一張電路原理圖。在這一過程中，要充分利用PROTEL99所提供的各種原理圖繪圖工具、各種編輯功能，來實現我們的目的，即得到一張正確、精美的電路原理圖。
(2)產生網絡表：網絡表是電路原理圖設計(SCH)與印制電路板設計(PCB)之間的一座橋梁，它是電路板自動的靈魂。網絡表可以從電路原理圖中獲得，也可從印制電路板中提取出來。
(3)印制電路板的設計：印制電路板的設計主要是針對PROTEL99的另外一個重要的部分PCB而言的，在這個過程中，我們借助PROTEL99提供的強大功能實現電路板的版面設計，完成高難度的等工作。
一、電路版設計的先期工作1、利用原理圖設計工具繪制原理圖，并且生成對應的網絡表。當然，有些特殊情況下，如電路版比較簡單，已經有了網絡表等情況下也可以不進行原理圖的設計，直接進入PCB設計系統，在PCB設計系統中，可以直接取用零件封裝，人工生成網絡表。2、手工更改網絡表將一些元件的固定用腳等原理圖上沒有的焊盤定義到與它相通的網絡上，沒任何物理連接的可定義到地或保護地等。將一些原理圖和PCB封裝庫中引腳名稱不一致的器件引腳名稱改成和PCB封裝庫中的一致，特別是二、三極管等。
二、畫出自己定義的非標準器件的封裝庫建議將自己所畫的器件都放入一個自己建立的PCB庫專用設計文件。
三、設置PCB設計環境和繪制印刷電路的版框含中間的鏤空等1、進入PCB系統后的第一步就是設置PCB設計環境，包括設置格點大小和類型，光標類型，版層參數，布線參數等等。大多數參數都可以用系統默認值，而且這些參數經過設置之后，符合個人的習慣，以后無須再去修改。2、規劃電路版，主要是確定電路版的邊框，包括電路版的尺寸大小等等。在需要放置固定孔的地方放上適當大小的焊盤。對于3mm的螺絲可用6.5~8mm的外徑和3.2~3.5mm內徑的焊盤對于標準板可從其它板或PCBizard中調入。注意-在繪制電路版地邊框前，一定要將當前層設置成KeepOut層，即禁止布線層。
四、打開所有要用到的PCB庫文件后，調入網絡表文件和修改零件封裝這一步是非常重要的一個環節，網絡表是PCB自動布線的靈魂，也是原理圖設計與印象電路版設計的接口，只有將網絡表裝入后，才能進行電路版的布線。在原理圖設計的過程中，ERC檢查不會涉及到零件的封裝問題。因此，原理圖設計時，零件的封裝可能被遺忘，在引進網絡表時可以根據設計情況來修改或補充零件的封裝。當然，可以直接在PCB內人工生成網絡表，并且指定零件封裝。
五、布置零件封裝的位置，也稱零件布局Protel99可以進行自動布局，也可以進行手動布局。如果進行自動布局，運行"Tools"下面的"AutoPlace",用這個命令，你需要有足夠的耐心。布線的關鍵是布局，多數設計者采用手動布局的形式。用鼠標選中一個元件，按住鼠標左鍵不放，拖住這個元件到達目的地，放開左鍵，將該元件固定。Protel99在布局方面新增加了一些技巧。新的交互式布局選項包含自動選擇和自動對齊。使用自動選擇方式可以很快地收集相似封裝的元件，然后旋轉、展開和整理成組，就可以移動到板上所需位置上了。當簡易的布局完成后，使用自動對齊方式整齊地展開或縮緊一組封裝相似的元件。提示-在自動選擇時，使用ShiftX或Y和CtrlX或Y可展開和縮緊選定組件的X、Y方向。注意-零件布局，應當從機械結構散熱、電磁干擾、將來布線的方便性等方面綜合考慮。先布置與機械尺寸有關的器件，并鎖定這些器件，然后是大的占位置的器件和電路的核心元件，再是外圍的小元件。
六、根據情況再作適當調整然后將全部器件鎖定假如板上空間允許則可在板上放上一些類似于實驗板的布線區。對于大板子，應在中間多加固定螺絲孔。板上有重的器件或較大的接插件等受力器件邊上也應加固定螺絲孔，有需要的話可在適當位置放上一些測試用焊盤，最好在原理圖中就加上。將過小的焊盤過孔改大，將所有固定螺絲孔焊盤的網絡定義到地或保護地等。放好后用VIEW3D功能察看一下實際效果，存盤。
七、布線規則設置布線規則是設置布線的各個規范(象使用層面、各組線寬、過孔間距、布線的拓樸結構等部分規則，可通過Design-Rules的Menu處從其它板導出后，再導入這塊板)這個步驟不必每次都要設置，按個人的習慣，設定一次就可以。
